У тебя хостинг под никсами? Ты пытаешься сменить права на локальные файлы или на удалённые? chmod никакие warning'и не генерирует? Возможно, что у хостера выключена функция chmod.
Я так и не понел ТС..... чтоб скрипт работал нужно его запустить а когда запустиш его то пользователем будет АПАЧ а у него не хватит прав на изменение аттрибутов(Если нормлаьно настроена система)