Зашифровать скрипт, чтобы его невозможно было расшифровать, ты не сможешь. Можно попробовать обфускацию для запутывания и усложнения читаемости кода, я для этого писал скрипт (тут)
после обфускации может снизится скорость и потом, еще нужно найти хороший обфускатор (если у тебя не один файл, а целая куча и все они свзаны).
И как сказал unknow555 можно еще Zend энкодер, но его можно раскодировать. Есть еще акселераторы, но они кажется компилят уже на серваке (хз, сам не пробывал)