Вроде бы сурс страницы берестся из шаблона, удаляй там подключение JS. Попробуй сменить шаблон. Еще могли вставить JS код в сам index.php, поищи там, есть там есть что-то вроде подключение JS, но удаляй и все.

Если ничего не понял, то сдампи БД, удали WP, поставь заного, восстанови БД, но только поставь новую версию и смени хостера (может через соседние сайты похекали), так же проверь свой комп на вирусы

Походу связку поставили тебе, кстати под WP есть полно сплойтов, только мы их не когда не увидим, я знаю что на один из последних WP есть сплойт на выполнение команд своих.. Так что, мало ли кто шелл залил и т.д..