Возможно это уже не шелл а баш скрипт в кроне итд. Так же есть вероятность что взломали не вас а соседа, частая проблема гавнохостингов. Рекомендую перехать на чтото более профессиональное, например Амазон ну и читать логи в первую очередь. Я так понимаю у вас там не ВПС а просто хостинг.