Это тебе нужен mod_rewrite. Поищи в нете мануал по нем. Еще можешь поискать по ЧПУ. разницы нет

А я думал, что это начибучил CodeIgniter , ведь он делает такие урлы для поисковых машин!

Можно ли сайт , созданный с CodeIgniter замаскировать так чтобы он выглядел так, как-будто его сделали на голом php????

можно,можно даже замаскировать под Asp.net все зависит от твоей фантазии и рук

Нужно отключить чпу и руками привить все пути в файлах

А что ссылка www.your-site.com/index.php/user/12 не похоже что это может быть и пхп и/или хтмл голый?

Скорее всего ТС просто не заметил файл .htaccess. Можешь удалить его, и править вручную все ссылки, но вообще, у CodeIgniter по-идее можно отключить ЧПУ.

Может тебе этого хватит, что написано в мануале:

Подключение строки запроса

В некоторых случаях вы можете предпочесть использовать строки запроса в URL:
index.php?c=products&m=view&id=345

CodeIgniter опционально поддерживает эту возможность, которая может быть подключена в файле application/config.php file. Если вы откроете ваш конфигурационный файл, то найдете там:
$config['enable_query_strings'] = FALSE;
$config['controller_trigger'] = 'c';
$config['function_trigger'] = 'm';

Так же можешь настроить под себя роутинг.

Вообщем есть ссылка вида www.your-site.com/index.php/profile/12
Необходимо сделать её вида www.your-site.com/profile.php?id=12

Триггеры здесь не помогут...

Ты хотя бы с функциями фреймворка разберись. Википедия сказала: