Avira выкинь в пиню. Эта живела палит все что угодно. Она зачастую на вполне нормальные файлы залу**ся. Почитай на тему ложного срабатывания Avira в inetю Если душе угодно, то измени eval(base64_encode к примеру на eval(any_transform_string_function. Eval вполне банальный элемент php кода и сам по себе не должен вызывать бунт со стороны антивирусов, за исключением подобных Avira `творений`.
Удели 5-7 часов(именно столько требуется, не более) На ручной крипт любого подходящего по функционалу шелла + переименнуй функции своими именами тот же WsoLogin() на phpmyadmin_login() и т.д. Благо дело на тему крипта php руками есть масса мануалов. Ну и как вариант попробуй написать свой шелл на perl на примере того же wso, r59.
Насчет палева - base64 не канает, т.к. он вполне удачно исполняется антивирем и виден конечный результат функций