Проект в Visual Studio по умолчанию отображается фильтрами. Можно включить отображение "папками" вот этой кнопкой. Называется она примерно как "Показать все файлы".



При отображении фильтров вместо директорий созданные файлы будут отображаться в фильтре но по факту будут находится в корневой папке если при создании не указать иной путь (в окне создания файла есть специальное поле для этого).