флешка с FAT в системе (по крайней мере в win7) оптимизирована под быстрое извлечение без остановки, ведь большинство их просто любит "выдергивать" без остановки. +без проблем подключается к линухам и макам.
по сути NTFS, нужна только для файлов больше чем 4 ГБ одним куском, но вытаскивать без остановки крайне не рекомендую!!! В добавок, как уже писали, эта файловая система - журналируемая, и флеха изнашивается быстрей (и дело не в размере журнала, а количестве циклов перезаписи секторов).