есть ли софт, который собирает хейндшейки в отдельные файлы?
Сложнее вспомнить, какой софт так не делает.
Все автоматические тулзы сохраняют чистые шейки в отдельные файлы. wifite, bully(?), besside-ng. Наверняка что-нибудь пободное есть у aircrack'а. Также это делается одним\командой скриптом для wireshark\tshark.