Ссылка на набор утилит (для 64 бит) от создателя hashcat - https://github.com/hashcat/hashcat-utils/releases/tag/1.2

Там есть утилита rli2, которая выделит "дельту", но оба словаря обязательно должны быть отсортированы и очищены от дубликатов.

Если система 32 бит, то либо придется самому компилировать из исходников, либо поискать версию 0.9.

rli2 оперирует с потоками и много памяти не требует. Если очищать словарь в 46Гб от словаря в 12Гб, нужно дать команду:

rli2 46Gb.txt 12Gb.txt >> result.txt