Велемир, .htpasswd и .htaccess могут лежать где угодно. Но чаще всего .htpasswd лежит или в корне или рядом с .htaccess, который, в свою очередь лежит, чаще всего, в папке, которая им защищена, или тоже в корне Права бд тут не при чем. А права системы нужны в зависимости от того какой уровень доступа поставил админ.

Последний вопрос не понял о_О