Ничего страшного в этом не будет, если сделать резервные копии ключей. Об этом говорится в любом мануале по данной теме. Мануал следует читать до того, как совершить действия методом научного тыка. Чувство страха сразу притупится, появятся знания и уверенность в своих силах. Также шифровать данные, как файлы, так и папки и диски, в том числе загрузочные, позволяют сторонние программы, например свободно распространяемый TrueCrypt. Это более интересный вариант, чем шифрование встроенными средствами - советую именно этот вариант, если уж возникла необходимость в шифровании.