Прога сама по себе не может убить флешку, если она специально не пишет, потом стирает и снова пишет. Есть проги для убийства флешек путем многократной перезаписи убивают ресурс флешки.
Проблема из-за некачественных флешек.
У меня была такая же проблема - со старенькой флешки Transcend напрямую гонял на одном девайсе Ubuntu в режиме Live, неделю почти без перерыва. Перестала в итоге определяться. Ничего удивительного наверное, флешка за 300 рублей это не SSD-диск, ресурс намного меньше.
Выход: покупать отдельно дешевые флешки для установки с них софта, которые не жалко выкинуть если что, чтобы потом не было мучительно больно за 64 ГБ USB 3.0
Я образы закатываю или UltraIso или WinSetupFromUSB. В последнее время все больше склоняюсь к варианту приобретения корпуса для ноутбучного винта с функцие выбора установочного образа при загрузке с USB HDD
Использовал много раз на различных флэшках, включая дешевые рекламные.....полет нормальный. для постоянного действительно лучше смотреть в сторону контейнеров типа zalman