Имеется на короткий срок SSH ROOT доступ к серверу оооочень плохого человека, который кинул на очень много денег. Там крупный интернет магазин на BITRIX.
Все удалять скучно, да и восстановят. Что действительно можно сделать на очень долгий срок, так сказать навредить плохому человеку.
Если есть доступ к юзерскому аккаунту под которым работают пхп-скрипты то можно попробовать порутать сам сервак. И в случае успеха восстановление из бэкапа уже не поможет)
[UPD]
Чёт я не заметил что рутовый доступ итак есть. Ну если он есть то вообще не вижу никаких проблем.