В общем. Точно знаю что:
Первое: поисковики это учитывают
Второе: такое расположение сайтов хорошо, если они смежной тематики
Третье: для доров - это ускоренная смерть
Четвёртое: не переусердствуйте с перелинковкой

Лично у меня подобная ситуация от которой я сейчас плююсь страшно. На одном хосте находятся 4 сайта. Тоесть основной и 3 дополнительных, так вот беда в том, что Гугл отказался индексировать 3 дополнительных домена, и вставил их в основной домен. Потому думаю, что сие может стать небольшой проблемкой, я лично больше так не сделаю.