Главный и вложенные документы:
– открываю главный документ, жму Ctrl+\ (открываю вложенные)
– меняю форматирование одного из вложенных, сохраняю (в файловом менеджере видно, что что-то сохраняется в главный док), открываю – форматирования нет...

То же делаю с другим вложенным доком – всё сохраняется.

В чём подвох?
"Обновлять автоматически" не стоит ни в надстройках, ни в настройках какого-либо стиля.