поразбирай движки порталов , форумов например в ИПБ делают так:
пользователь сообщает форуму ACT где ACT - это имя файла и имя класса в каждом классе с именем ACT есть функция AutoRun запуская которую выводится весь смысл модуля =)
грубо это выглядит:

<?php
include "sckin.php";//Твой класс для вывода инфы и запросов майскьюль и т.д.
$scin_class = new MainClass();// дальше эта переменная будет использоваться другими классами-модулями для вывода и других дел
include "module1.php"
include "module2.php"
include "module3.php"
include "module4.php"// это все твои классы с функциями AutoRun()
....
$class = new $_GET['act']();
$class->AutoRun();
?> - вот и весь твой индекс.пхп для начала

пример класса:

<?php
class module1
{
var $scin_class; //твой класс который отвечает за вывод
function AutoRun()
{
$scin_class->print_link('http://ya.ru','XXXndex');//например вывод ссылки
}
}
?>
ну и один какбы центральный класс который отвечает за скины и формирование HTML кода