Я бы лично начал проверять все по стандартной последовательности: чистим темплейты, проверяем винт.

Что из софта аккуратно на автомате может почистить реестр и темпы? Раньше пользовался регклинером, но он давно не обновляется и, скорее всего, уже морально устарел.

У меня лично стоит CCleaner.

Вот эти нормальные:
RegCleanr
RegSupreme Pro
jv16 PowerTools

Я их последовательно запускаю если что, каждая последующая находит больше предыдущих. Но можно думаю и только последней обойтись. Нормальная, с сохранением копии. Проблем никогда не было с ними в отличие от других. Лишнего не стирают.

Ещё есть Norton WinDoctor 2006, тоже неплохая вещь. Но думаю есть и поновее. CCleaner - стоит в автозагрузке.

Но лучше сперва, посмотреть дефрагментацию винчестера, с этим может быть связано. Потом нагрузку на процессор в момент тормозов, температуру процессора. Если какая-то программа берёт на себя все ресурсы, снизить её приоритет. Вот неплохая утилита: http://technet.microsoft.com/ru-ru/sysinternals/bb963902 Или это может с сетью связано.

Что-то с винчестарами наверное, проверьте программой sea-tools.

Да просто посмотри на индикатор харддиска в момент тормозов. Если большаяактивность или 100% загрузка то как бы ответ на сабж очевиден.

Кстати это могут также давать БП

Для начала открой просто диспетчер задач и сверни в трей в момент зависаний посмотри на его показатели(ЦП и оперативы), если нет значит проблема в другом

На висте как бы есть диспетчер ресурсов родной, в том числе и с IO-метром. И с очередью задачь для дисков. В нормальных условиях длинна очереди максимум 1-2 будет (это с очень очень большими запасами)