По идеи надо просто отформатировать раздел на который ставишь винду, помогает в 90%, лучше конечно отформатировать весь диск и переразбить, или воспользоваться сторонней программой типа Acronis(указав в ней активные разделы и также отформатировать ненужные (загрузочная флешка)).