В отличие от SSD, когда файлы перераспределяются при перезаписи по свободному пространству, на флэшки все пишется тупо. Но, все равно количество циклов перезаписи для современных флэшек исчисляется примерно N*10000, где N зависит от производителя и модели. Поэтому, скажем, при активной работе и порядка 10 перезаписей файла в день для самой стремной флэшки минимальный срок срок ограничивается 3 годами.
Имхо, бояться не нужно)
Я работаю в PhpStorm и там чуть ли не каждое нажатие клавиши в редакторе ведет за собой сохранение и перегенерацию файлов. Скорее всего эти изменения сохраняется в памяти, и периодически сбрасываются на флешку физически, но все равно кол-во циклов перезаписи в день на мой взгляд очень велико.