Если имеется возможность редактировать уже залитые файлы с нужными правами.
Если вы заливаете SHTML, но в .htaccess вы пропишите SSI, и там выполните какой-ни будь скрипт методом php -n -r "..." (Ключ n - не использовать php.ini) или perl "./file.pl", в котором вы подправите права или уже сделаете то, что вам нужно.