Обязательно сделай бекап логов, когда будешь решать вопрос через кого либо, так как решать проблему нужно на корню, в остальном если есть необходимость пиши в аську...
по всей видимости при рутовых правах может и добавляться куда угодно, что угодно
это то да, еще при наличае шелла и chmod 755 к корневой папке даёт возможность изменять chmod файла .htaccess, возможно тот умник который добавляет тебе редиректы просто меняет на .htaccess-е chmod на 755 редактирует его и возращает 444
chmod можно отключить в php.ini, но если есть возможность создание удаление файлов, то могут сделать копию .htaccess, удалить оригинал и создать свой уже с редиректом.