Сам спросил, сам отвечаю. В папке юзера, что в ~/home/user/. thunderbird лежат настройки и локальная почта. Вложения хранятся в папке указанной пользователем в настройках. Остается подменить файл mimeTypes.rdf. и тогда вложения будут качаться автоматом в папку по дефлоту, если не меняли путь. Хотя и это можно посмотреть.