1. Можно заинжектить код/длл в диспетчер задач и перехватить функцию, получающую список процессов - хз куда уходит вызов, на win8.1 перехват Process32Next, NtQuerySystemInformation не помог.
2. Можно использовать технику runpe и запуститься в другом процессе. В гугле полно инфы, но если требуется - скину пример.
3. Процесс можно сделать неубиваемым для процессов с меньшими правами: