подобное поведение настраивается в конфиге nginx/apache двумя строчками

как именно не работает? internal server error? 404? залитый следом шелл скачивается а не выполняется? пиши конкретнее

проверил на валидность залитый .htaccess? и вообще ты уверен что там апач на бекенде а не php-fpm? то что присутствует .htaccess не означает, что сайт на апаче, это может означать, что раньше он был на апаче а потом админы перенесли весь сайт на связку nginx/php-fpm, а .htaccess оставили на случай обратной миграции. А может быть в вышестоящем .htaccess отключен php движок для определённых директорий и ты его не включил в залитом .htaccess. А может быть AllowOverride выставлен в None

короче может быть всё что угодно, поэтому фраза, что .htaccess не работает ничего по факту не говорит

Смею предположить, что у Вас присутствует "белый/черный" список файлов. Попробуйте поискать названия которые разрешены в настройках веб. сервера или прописаны в корневом .htaccess. На практике такие попадались и не раз!