Опять ошибки при установке. Как же они за..Ладно.
При установке m2crypto возникала ошибка, поэтому пришлось:

1. Убрать строку m2crypto из requirements.txt
   
2. sudo apt-get install python-m2crypto

Также не мог установить кучу того, что требовалось, поэтому sudo.
Ещё не мог установить из-за того, что нужен python-dev. Решилось так:

1. sudo aptitude install python-dev
   
2. n [enter]
   
3. Y [enter]
   
4. sudo aptitude upgrade

Надеюсь помог тем, у кого та же проблема.
[Добавка от 13.12.2017: 16 - 03 МСК]
"Template not found (/home/server/Загрузки/Прочее/pupy/pupy/payload_templates/pupyx86.exe)"
Решение:

1. wget https://github.com/n1nj4sec/pupy/releases/download/latest/payload_templates.txz
   
2. tar xvf payload_templates.txz && mv payload_templates/* pupy/payload_templates/ && rm payload_templates.txz && rm -r payload_templates

[doublepost=1513178216,1513169557][/doublepost]Ещё проблема с установкой PyAutoGUI.
Решение #1:

1. pip install python-xlib
   
2. sudo apt-get install scrot
   
3. sudo apt-get install python-tk
   
4. См. установку python-dev комментарием выше
   
5. pip install pyautogui

Решение #2:

1. Ставьте PyAutoGUI без SSH (т.е. не используя SSH)

Причина неизвестна, но так нужно сделать.