В гугл введите "обфурскация кода/обфурскация", статей на эту тему думаю будт не малое количество.

Он бинарник хочет морфить, а не сорцы.

По теме - декомпилировать бинарь и морфить сорцы

Немного не понял. возможно я ошибаюсь, а если так, то поправьте.

разве .exe и .bin это не разные исполняемые файлы?

И при чем здесь сорцы?

На каком языке написан твой PE-файл? Для C# используй NET Reactor и не придется заморачиваться. Прогу можешь найти в ресурсах. Если нужно что-то свое, то можно написать простой обфускатор. Ниже я оставил пример такого обфускатора на шарпе. Запускаешь программу через консоль и указываешь путь до файла после названия скрипта.

Пример:

Да, на C# но абфускация кода это не серьезно)
Хотелось бы освоить виртуализацию кода или переустановки произвольно взятой команды JMP|CALL на тело кода, изменение точек входа да и вообще измнение поведения кода.

Это не совсем подходит

Вся сложность в том что статей по работе с PE (чужим софтом например) с гулькин нос, что куда и откуда.. и зачем )) ответов нет)
На угад тыкать как вы понимаете максимально не рационально ) какая-то больше, обратный инжиниринг.. все такое, придеться книги пендосовские покупать видимо

Ты либо не знаешь, что тебе нужно, либо не до конца освоил тему. Смотри, виртуализация кода это процесс трансформации исходного кода программы в другой код, который трудно понять или изменить. В этой виртуализации есть несколько методов (к примеру обфускация, шифрование и тд). Когда ты обфусцируешь код, то твоя EP (точка входа) меняется, и чтобы начать читать код, реверсеру следует отыскать OEP (оригинальная точка входа) и обфускаторы этот процесс затрудняют

Одной статьей здесь не обойтись, могу по рекомендовать книгу Ивана Склярова "Изучаем Ассемблер за 7 дней", без этого языка в реверс как в темный лес идти. Также с журнала Xakep можешь почитать курс"Реверс Малвари"