Насколько помню, сканеры бывают в разрыв клавиатуры, тогда все должно работать, и втыкающиеся в порт (usb или com). Для вторых копайте проброс порта в RDP сессию или usb to LAN, второе проблемней.

Да, у меня именно USB-сканер штрихкодов. Как показала практика, особенно учитывая, что сервер на базе Windows 2003, те вещи которые должны работать в RDP, далеко не всегда работают (clipboard, порты и т.д.)

гм... давайте тогда точную марку сканера штрих кода
У нас работают и комовские стационарные сканеры штрих кода на кассах и у операторов usb сканеры, работают с 1С 7.7 и 8.2, сервер терминалов на 2003 и на 2008, проблем нет.
Хотя... изредка на неуправляемых коммутаторах колиззии с сетью бывают в одном месте- там силовые кабеля рядом с локалкой- а так проблем нет.
Начните с названия точного сканера и на чем клиент rdp развернут?

USB Redirector RDP Edition вроде бы как прекрасно справляется. На сайте у них есть триалка на пробу

В режиме эмуляции клавиатуры сканеры штрихкодов не всегда корректно работают по rdp, такое может быть из-за лагов при обмене пакетами, поэтому желательно по книжке идущей в комплекте, перевести сканеры в режим эмуляции rs-232, и пробрасывать порт средствами mstsc.
Локально ставится драйвер эмулирующий rs-232 порт самого сканера, + на сервере, на выбор драйвера торгового оборудования от атол за 02.11.2009(последняя бесплатная версия), либо драйвер ScanOpos от самой 1С, начиная с версии 8.0.14.1 он поддерживает сканеры работающие в режиме эмуляции клавиатуры(если твой сканер не может эмулировать rs-232).
А дальше все подключается стандартными обработками 1С.

Полностью поддерживаю.
Стоит 2008 R2, 1С версии 7.7 и 8.2- сканеры posiflex-а пробрасываются без особых проблем.

Добавлю:
Способ 1. Если санер USB - перепрошивается в режим эмуляции RS232, если сканер RS232, то ничего делать не надо. Все заработает и так. Мучений там минимум. Проброс портов штатными средствами rdp. Из плюсов - быстрое подключение и настройка. Из минусов - часто отваливаются с ноутбуков (USB), так же отваливаются при удаленной работе (сервер в другом крае / городе и т.д.) и нестабильной связью
Способ 2. Разрыв клавиатуры - при наличии дров от того же Атола решается быстро и безболезненно. Из минусов - тормоза при старте системы, при работе под 7.7 отключатся скрипты (если их использовали). Иначе 1с-ка вываливается в крит.
Способ 3. Разрыв клавиатуры БЕЗ драйверов. Из минусов - придется попрограммить малость, можно даже реализовывать фишку под названием ложное закрытие, но зато из плюсов - все работает как часы и при любой связи и т.д.

Из практики: База 1с 7.7 на сервере windows. Подключение происходит по RDP. К базе подключаются 15 сканеров по RS232. В настройках подключения установлен проброс порта. Проблема была в том, что проброс невозможен на порт которого физически нет на сервере. В результате на сервер поставили дополнительные контроллеры com портов, в такой конфигурации все работает без проблем.

проброс порта как и штатные средства для принтеров. все работает штатными средствами серверов.надо просто разобрбраться.
долгое время использовали ScrewDrivers.....в силу перевода на лицензии отказались и все настроили, без него
проблемы могут возникать у дешевых USB сканеров.....думаю марки не буду приводить, изза нестабильности напряжения и т.д.