Вообще во время работы скрипта надо сделать полосу загрузки, но не показывающую процент загрузки а просто ездиющую туда оттуда, только необходимо что бы во время работы она появлялась а по окончанию, исчезала.
http://www.java2s.com/Code/JavaScript/Development/ProgressBar1.htm
Вот тут нашел токо не вдуплю как сделать что бы она появлялась только во время загрузки скрипта, скрипт приводиться в работу кнопочкой submit, если есть др варианты например затемняющие экран с полосой загрузки буду очень багодарен.
А зачем зря грузить браузер юзера яваскриптом, если тебе не нужны точные данные, вольми просто gif изображения прогресса, вот здесь есть очень хорошие источники