можн реализовать с помощью autorun.inf. какие команды в нём должны содержаться, чтобы при открытии папки, выскакивало окошко или текстовый документ?

http://ru.wikipedia.org/wiki/Autorun

читай, там все есть

Для отдельной папке нельзя или только для всех.

Можно замутить такое дело через WMF-Сплоит (если система уязвима) в каждой папке виндоуз, где будет файл эксплоита, при заходе внутрь её будет выполнятся произвольный код. Если включен режим отображения папок миниатюры (да и в обычном режиме тоже иногда, при подгрузке dll). А вообще реализуется через расширения проводника это дело.

Читайте правила раздела,что хаки и прочие премудрости не разрешены.Что мелочиться можно и ОС модифицировать резидентным модулем.