Решил проблему!
1. Преобразовал вложенный док в часть главного документа. Помогла статья отсюда. Проверил, всё сохраняется (редактировал и сохранял/открывал по многу раз).
2. В режиме структуры открыл все доки, вырезал бывшее содержимое того дока, который вставил в основной док > вставил его в его исходный файл. Всё.

Тему можно закрывать.